Genom Stockholms skärgård går ett stråk av urkalk. De nordligaste förekomsterna finns från Nothamn upp till Skottviken och några öar nordost om Singö. Vegetationen på dessa kalkhällar är mycket speciell. Den rikaste och intressantaste växtlokalen finns i och omkring det gamla kalkbrottet (marmorgruvan) strax söder om Nothamnsviken. I botten på gruvan växer rikligt med brudsporre, majviva, vildlin, tätört, rosettjungfrulin, kattfot, älväxing samt mer svårupptäckta arter som låsbräken och hårstarr. I klippspringor och uppe på kalkhällarna runt gruvan hittar man flera arter små ormbunksväxter – framför allt den kalkkrävande murrutan, men även gaffelbräken, svartbräken och den verklige rariteten, fjällhällebräken, är rapporterade härifrån. Här växer också ovanligt rikligt med vit fetknopp, tulkört, fältmalört, blodnäva, axveronika och oxbär. Några intressanta svampfynd har gjorts, som den lilla ofransade stjälkröksvampen. Även lav- och mossfloran är mycket speciell på kalkklipporna, med bland annat riklig förekomst av kalkkammossa.
Kalkberggrunden känns igen på sin småknottriga och sträva yta och att den ofta har smågropig vittringsyta som om den är fylld med små skålar. Här och var ser man hur kalken vittrat ner och lämnat hårdare och mer svårvittrade bergarter som upphöjda sliror i berget. Kalkbergen sträcker sig cirka 100 meter söder om brottet, ner till en vik med mycket havtornssnår.
Kalkberggrund finns även norr om hamnen, men är inte lika omfattande och terrängen är dessutom ganska svårvandrad med djupare skrevor och högre branter som kräver en del klättring.
Granskogen innanför klippkusten är botaniskt intressant, med arter som nästrot, underviol, brudborste, skogsknipprot, trolldruva och till och med vit skogslilja (svärdsyssla).
Knappt två kilometer väster om Nothamn ligger ett rikkärr där man kan hitta flera arter orkidéer. Här finns också sumpröksvampen, som är sällsynt i hela landet.
Vid kustklipporna i trakten kan man få se den ovanliga hasselsnoken (och vanlig snok och huggorm) och i smågölar och hällkar lever både större och mindre vattensalamander.
För den geologiskt intresserade kan nämnas att Nothamnsområdet 2012 tävlade om att vara ett av Sveriges mest intressanta geologiska objekt. Här finns inte bara kalkberggrund utan en lång rad andra bergarter: amfibolit, diorit, pegmatit, gabbro, med flera. Och en stor mängd med mer eller mindre sällsynta mineral: fergusonit, laumonit, skapolit, muskovit, yttrotantalit, vesuvian, beryll, uranförande kolumbit och monazit, samt många fler. Man kan se urgamla spår av vulkaner och lavafält, och istidsspår i form av jättegrytor och isräfflor, och betydligt mer sentida spår efter en järnmalmsgruva med slagghögar. Och avvikande strukturer i berggrunden: boudinage (korvliknande avsnörda bitar), gropvittring i marmorn, med mera. Och färger och former: till exempel stora rosafärgade klippformationer av pegmatit tvärt avbrutna av korpsvarta gabbroklippor vid Rödberget norr om Edebyhamn.
Klas-Rune Johansson